Comment ouvrir un fichier Exo d’application HG ?

Comment ouvrir un fichier Exo d’application HG ?

Comment étudier un signe ? Si f ( x ) a le signe +, alors la courbe de f est au dessus de l’axe des abscisses. Si f ( x ) a le signe -, alors la courbe de f est en dessous de l’axe des abscisses. Pour interpréter ce signe : Si f ( x ) − g ( x ) a le signe +, alors la courbe de f est au dessus de celle de g . Quel statut pour se verser un salaire ? En SASU, le président (dirigeant) a le statut de salarié : il se verse un salaire chaque mois.21 oct. 2021 C’est quoi le code *# 62 ? – *#62# : cette manipulation à taper sur votre iPhone permet de vérifier si un renvoi d’appels sur indisponibilité est activé. – *#67# : ce code permet de contrôler si un renvoi d’appels sur occupation est activé. – ##002# : ce dernier désactive tous les renvois d’appels sur votre téléphone.2 mars 2022 Comment devenir un mème ? Un mème sur Internet peut avoir bien des aspects différents : idée, image, vidéo, lien, hashtag. Tous ces éléments, pour peu qu’ils soient repris et déclinés en masse sur le web, peuvent devenir des mèmes. Pour Blake Boston, tout est parti d’une simple photo prise par sa mère.29 déc. 2013 Quel pays a le plus d’insultes ? Pays méditerranéens mal notés Les Grecs sont également en tête concernant les comportements dangereux, un classement fermé par les Britanniques.1 juil. 2020

bonjour ce tutoriel s inscrit dans le cadre de la formation cancéropole ile de france nous verrons comment analyser des données de séquençage à haut débit d’un couple tu m’as constit à l’aide de galaxies nous avons pour objectif de déterminer et différentes altérations du nombre de copies dans l’échantillon tumorales cette vidéo fait suite à un précédent tutoriel s’intéressant à la détection de variations ponctuelles dans le même type de données est disponible à l’adresse suivante en effet vous avez pu lors de ce premier tutoriel voir comment à partir des données de type face kyo effectué un premier rapport qualité puis aligné ses données avec l’outil bow tie 2 sur un jeune homme de référence dédié vous avez ensuite appliquer différents filtres afin d’affiner cet alignement notamment vous avez retiré les duplicatas pcr vous avez conservé uniquement les données de bonne qualité qui intercepte avec la cible soit l’exome puis vous avez appliqué un traitement en deux parties une pour la partie s’intéressant aux réunions locales autour d un bel et une deuxième partie s’intéressant à l’art calibration du score associé à chaque pas pour finir vous avez obtenu des fichiers au format bam correspondant aux rides alignés et traité qui n’ont plus de dupliquer à de pcr qui sont interceptés sur l’exode pour lequel vous avez réaligner localement autour d un dell et qui sont recalibré à partir de ces fichiers au format bam correspondant aux rides aligner traité de la tumeur et de son aval à parier vous avez pu ensuite détecter des variants somatiques de petite taille appelés snv ou un dell puis vous avez est filtrée et à noter ces variants afin de leur trouver un sens biologique aujourd’hui nous allons nous intéresser à un autre type de variations toujours à partir de ces fichiers les rides aligner traiter au fond madame pour la tumeur est ce normal à parier nous allons nous intéresser à la détection de variation de grande taille appelés aussi altération du nombre de copies dans l’échantillon du moral pour cela nous voulons mettre en évidence des gains ou des pertes de une ou plusieurs copies d’une régions génomiques précises allant du kilo base oméga base voire même le bras ou le chromosome entier nous allons donc appliqué à partir de ces deux fichiers différents outils nous permettant de trouver ces interrelations du nombre de copies aussi appelée sénat nous allons aujourd’hui travailler sur un jeu de données issues de données publique consistant en une paire dé xoom d’une tumeur du poumon et de son normale à parier ces données résultent d’un séquençage illumina de type pérenne ayant produit des rides 200 paires de bases et est disponible au lien suivant nous réalisons aujourd’hui l’analyse d’un sous-échantillon nages 2e de données dans le but de réduire les temps de calcul pour cela nous utiliserons deux outils dédiés à détection des déclarations du nombre de copies dans ce cas de figure à plessé kwanza et facettes pour rappel le point de départ de ce tutoriel correspond aux rides alignés et traitée au format bam pour les deux exo d’humeur est normal avant de commencer l’analyse j’aimerais vous parler de quelques critères importants concernant la détection du nombre de copies dans des tumeurs les premiers critères correspondent donc à la normalisation qu’on peut effectuer sur les données séquencé afin de corriger certains billets inhérents au séquençage et à la capture en effet nous savons que les données peuvent être susceptibles au taux de gc donc des fragments l’adn et certains outils vont pouvoir permettre de corriger par le taux de gc calculé par régions du génome pour mieux estimer donc le nombre de copies de la même manière certains outils vont s’intéresser aux critères de stabilité pour normaliser redonné en effet ce critère permet de quantifier si la région est unique ou non c’est à dire est ce qu’elle est facilement ma table alignable dans le cas le riche où la région est difficilement alignable on doit avoir des billets de séquençage et de mapping ensuite ce qu’ils ont ce qui est important c’est de savoir si l’outil en question va permettre de d’estimer à la fois l’applaudît donc le nombre de copies médiane de la tumeur et à celui de l’arrêté soit le pourcentage de échantillons qui correspond donc au vrai cellules tumorales ensuite certains outils vont pouvoir bénéficier de l’apport du normal pour déterminer un copy number à l’aller spécifique entre autres nous cherchons donc tout ce qui est changement d’événements du nombre de copies ou non mais surtout une perte des terreaux zygo cité entre la tumeur et sont normales pour finir certains outils permettent de terminer donc le nombre de d’événements sous chrono et de les qualifier nous pouvons avoir un pourcentage de ses victimes en a qui ont partagé un même événement et un autre pourcentage de cellules tumorales donc un autre clown qui partageront un événement distincts la plupart des outils s’intéresse à deux métriques importantes pour déterminer le nombre de copies le premier don correspond à la profondeur de couverture c’est-à-dire le nombre de rites qui va supporter chaque position entre la tumeur et le normal d’autres outils vont s’intéresser aussi aux informations inhérentes à un séquençage perdent end illumina pour distinguer donc les des point de cassure entre deux événements du changement de nombre de copies et l’autre outils vont utiliser donc ce qu’on appelle la fréquence de dalal mineurs b où la paf afin de déterminer donc la perte des terreaux ziga cité entre la tumeur et aux normales ici c’est conz a va à la fois normalisée par rapport aux taux en gc il permet un appel à l’aide spécifique et estime un couple plomb et dit essayer d’arrêter facettes est aussi à l’aller spécifique ne corrige pas par rapport au gc estime un couple de poésie et de ses deux arrêtés de la tumeur mais encore plus il va permettre détection d’événements sous clos nous allons aujourd’hui travailler sur l’instance galaxie publique de l’institut curie disponible à l’adresse suivante mais tout à fait possible outre de travailler ceux d’autres instances de galaxies à condition d’avoir à disposition et deux outils mentionné précédemment facettes et c’est comme ça si vous choisissez de travailler sur l’instance galaxie publique de l’institut curie le jeu de données mentionnées précédemment est disponible dans un historique partager et public le cas échéant vous pouvez donc récupérer l’archivé contenant les différents fichiers utilisés pour ce tutoriel et les eaux claude et dans l’instant ce que vous désirez en utilisant l’option guette data je vais donc vous montrer comment récupérer à partir d’un historique publiques des données et les importer dans votre propre compte galaxy pour cela allez dans le menu en haut et cliquez sur shared date à accéder à published historique vous avez ainsi disposition une liste non exhaustive des historiques public est partagé sur l’instance de l’institut curie et aujourd’hui le tp qui nous intéresse est aujourd’hui les fichiers qui m’intéressent se situe dans l’historique intitulé tp cnv files cliquer sur l historique et vous verrez ainsi des quatre éléments officier qui composent c’est historique nous retrouvons ainsi les deux fichiers à ligne et est traitée au format bam du normal et de la tumeur ainsi qu’un fichier bed contenant les régions génomiques d’intérêt c’est-à-dire l’exome sur lequel nous allons travailler ainsi qu’un fichier correspondant donc auto de gc dans des régions de 50 paires de bases du génome de référence hg 19 donc humain qui va pas mal de normalisée par rapport par rapport au taux de gc connu pour influencer le nombre de rites supportant chaque position il est possible ensuite d’importer cette historique dans votre compte galaxy pour cela cliquez sur importe history en haut à droite une fois la boîte verte affichez vous pouvez commencer à travailler dans ces nouvelles historique contenant les quatre fichiers mentionné précédemment en cliquant ici sur start using this history dans un premier temps nous allons donc travailler sur le typha 7 afin d’analyser le nombre de copies somatiques pour cela dans galaxy allez dans le menu des outils à gauche et descendez jusqu’à l’option copy number un élevage dans ce menu vous avez accès à différents outils comme facettes et sequans a cliqué sur mgs facettes et donc cliquer sur l’outil facettes à ce moment là vous avez accès donc dans le panneau du milieu à l’outil est assez différents paramètres pour commencer choisissez un nombre d’échantillons à donner à votre analyse nous allons ici d’appeler tumeur facettes ensuite remplissez correctement donc les bons fichiers bam qui correspondent aux rides alignés et traité pour échantillons normale en premier lieu donc l’échantillon qui correspond aux dates à 7 3 puis pour la tumeur ici le numéro 4 une fois les bons échantillons renseigner choisissez un jeune homme de référence sur lequel vous allez travailler est un assemblage ici nous travaillons sur l’assemblage h g19 du génome humain en effet et données ont été précédemment aligné sur ce jeune homme en particulier comme vous pouvez le remarquer force est là seulement disponible pour quelques jeunes hommes de référence et assemblage en effet on ne peut travailler que sur hg 19 h et 18 pour humains ainsi que mm 9 et mm 10 pour la souris ensuite défini c’est un seuil du nombre de copies afin de déterminer une amplification d’un gain ici donc nous définirons tout amplification qui sera de cinq copies supérieur à l’aplomb et dit estimer choisissez ensuite décréta de qualité pour sélectionner à la fois les alignements et les bases qui vont être inclus dans l’analyse en effet on souhaite uniquement conserver les aliments qui ont une bonne mapping quality dans lequel on a une bonne confiance dans leur position pour rappeler les nombre de copies comme nous traversons de données de type illumina le critère de vin paraît cohérent de la même façon nous ne souhaitons conserver uniquement que les bases qui ont été appelés et c’est quand c’est donc avec une bonne qualité une bonne baisse quality afin de les inclure dans le calcul de la paf ici 13 encore une fois paraît cohérent sachant que nous travaillons sur des données de type et lumineux ensuite défini c’est donc ici la profondeur moyenne de couverture pour l’échantillon normal comme ici les gentilles ont été séquencés à 25,6 en moyenne nous mettons 25 si vous avez séquencé l’échantillon normale à 100 x renseigner ici la valeur de 100 pour finir définissez le seuil de couverture maximale au dessus duquel les animaux ne seront pas pris en compte en effet s’il ya une trop grande profondeur de couverture par rapport à ce qui est attendu et séquencés on peut penser que cela est art et factuel ici tout ce qui a plus de 1000 x ne sera pas pris en compte des analyses enfin cliquez sur exécuter une fois de job exécuté vous avez accès ici à une boîte verte vous confirmant son exécution et dans les menus à droite donc votre historique courant vous avez accès est donc en jaune à trois boîtes qui correspondent aux résultats de phase est la couleur jaune signifie que ces jobs sont en cours d’exécution donc aujourd’hui nous travaillons sur des jeux de données réduit afin de réduire les temps de calcul vous verrez quand même qu’ici nous avons des jeux de données qui vont avoir des résultats obtenus au bout de la demi-heure dans la vraie vie quand vous aurez des vrais échantillons d’exo tumeur normaux il faudra attendre plusieurs heures afin d’avoir un stade de l’analyse nombre de copies l’analyse est terminée une fois que les boîtes de résultat deux facettes sont en verre vous avez donc accès à trois fichiers différents le dernier ici appelé log faille si vous cliquez sur le nom pour dérouler les dates à 7 correspond juste aux résultats donc sous format blog de se garer facettes pendant une analyse ensuite vous avez donc concrètement deux résultats 1 qui est ici au format pdf et qui s’appelle donc segment pdf faille et le deuxième au format texte qui contient les segments que vous pouvez ensuite analysées sous excel dans un premier temps nous allons ouvrir donc le pdf dans galaxy pour cela cliquez sur le petit oeil du das est correspondant aux pdf dans la page du milieu s’affichent ainsi le graphe correspondant à l’analyse copy number fait par facettes afin de mieux comprendre ce graphe nous pouvons donc l’ouvrir dans galaxy de manière plus visuel en retirant les panneaux de chaque côté ici par les petites flèches à gauche puis à droite on voit donc ainsi le graphe de résultat deux facettes qui se divise en plusieurs parties la première ici en haut nous donne pour le nom d’échantillons sélectionné donc tu meurs facettes la sécularité estimé ainsi que la pluie dit ici il estime cette tumeur comme étant diploïdes et ayant dans l’échantillon une proportion de cellules tumorales de 30% la première partie du graff correspond de manière générale aux ratios des profondeurs de couverture entre l’échantillon normes tumorale et échantillons normal chaque chromosome est affiché successivement et de couleurs différentes on a ainsi on a donc ainsi le chromosome 1 le 2 le 3 et c’est ce deuxième graphie ci correspond à son calcul de la baf entre la tumeur est normal donc s’intéresse donc à montrer le déséquilibre qui lie à entre les ratios les lic des polymorphismes dans la tumeur par rapport aux normales pour essayer de déconvenues et signale entre la partie qui va être dû au nombre de copies différentes dans la tumeur mais aussi à la contamination des cellules normales ou de plusieurs clones pour finir ici le graphe résume l’analyse de facettes on a donc accès ici au nombre de copies total en noir ainsi qu’au nombre de copies de la levée de l’alerté mineurs en rouge par exemple pour le chrome os un ici facettes estime que le nombre de copies total est de 2 nous avons donc deux copies et que le nombre de copies de lettres des mineurs est de 1 soit une copie on a donc affaire un génotype de type ab ici sur le chromosome 5 nous avons un gain donc une partie avec le nombre de copies total qui est de 3 sauf que nous avons ici 0 copie de la ligue mineure b ainsi nous avons une perte des terreaux ecocité de la tumeur par rapport aux normales nous avons un génotype de type aa et ainsi de suite le long du génome enfin cette a la particularité de pouvoir dès qu’on volé le signal en événements de changement de nom de copies sous chrono il va donc essayer d’estimer les proportions de cellules dans l’échantillon qui pourrait contenir un événement particulier ici dans cette barre jaune et bleu il résume donc pour chaque événement le nombre de cellules deux échantillons qui partagent cet événement ainsi en jaune nous avons donc 100% de la fraction de l’échantillon qui partagent la même valeur soit donc aucun changement du nombre de copies la même chose que dans l’échantillon normal et en bleu et en dégradés de bleus vous avez donc dans le cas où il ya différents clown détectés par facettes ce qui n’est pas ce qui n’est pas le cas ici la possibilité de voir le pourcentage de cellules de l’échantillon global qui partagent cet événement ici nous avons que un seul clown détectés par facettes qui correspond donc à l’échantillon tumorales dans l’échantillon séquencé pour rappel nous sommes en présence d’un échantillon complexe qui a à la fois des cellules tumorales hétérogènes ou homogène et des cellules normales contaminantes ici face à ta donc estimé qu’il n’y avait que 1 seul clown deux échantillons du moral et qu’il représente 30 % de l’échantillon global séquences et nous pouvons donc ainsi regarder le figer texte correspond donc au résultat des segments estimé par facettes en déroulant le menu du débat cette correspondance ici le format ty segment de textes en cliquant dessus on peut soit choisir de le visualiser dans galaxy en cliquant sur le petit oeil ou bien nous pouvons choisir deux télécharger afin d’avoir accès à ce fichier dans excel et de mieux voir le résultat nous allons donc cliquer sur ici la petite disquette faire un clic droit et sélectionné ici enregistrer la cible du lien sous choisissez un dossier de destination et enregistré sous format au format txt ouvrez donc se ficher dans excel de la manière classique ce fichier est un format de textes ta bulle et et vous avez donc accès aux différentes colonnes de résultats deux facettes chaque ligne correspond à un segment trouvait ou non et vous avez donc pour chaque segment appelé le nom d’ échantillon sélectionné le chromosome sur lequel se trouve ce segment une position de début et une position de fin du segment le nombre de copies total estimé par facettes pour ce segment le génotype associés donc ici ab pour deux copies total le log ratio des profondeurs de couverture de la tumeur cela normal pour ce segment est un rappel de la poésie estimé pour l’échantillon pour finir vous avez accès aux une estimation de l’événement ici donc ce n’est pas un événement du changement de nombre de copies on peut donc dire que nous avons un événement neutre à de copier qui n’est pas différent de la pluie dit estimer et nous ne sommes pas en présence du nouvel ouvrage d’une perte des terreaux des terreaux ecocité al’inverse ici nous pouvons voir sur un petit segment du chromosome 1 un nombre de copies total qui ne changent pas toujours deux copies mais un génotype estimé comme étant à a soit ici une nouvelle tâche une perte de 0,06 tu es ici par exemple nous avons affaire à un gain sommes en présence de trois copies et une perte des terres aux échos cité vous pouvez ainsi parcourir tout le fichier et ne pas hésiter à comparer ces résultats avec d’autres outils nous allons maintenant nous intéresser à l’outil sequenza dans le menu à gauche d’outils descendez au menu concernant le copy number 1 h et sélectionner cette fois c’est qu’on ne l’a piqué sur sequans a pour afficher l’outil de la même manière que précédemment nous allons d’abord définir un nom pour les gentilles ont concerné cette fois nous appellerons tumeur s’y prendra nous allons définir que les fichiers d’entrée sont bien au format bam nous allons choisir de travailler sur un jeune homme de référence qui est déjà fourni dans galaxy soit ici le génome de référence humain hg 19 et nous allons correctement remplir à la fois l’échantillon normal qu’au fond madame ici en prenant une fois encore le date 7 3 puis nous allons remplir ici le bond à 7 pour la tumeur au fond madame ensuite nous devons définir quelques critères afin d’améliorer l’alignement pour effectuer l’analyse copy number dans un premier temps nous allons coché ces deux options afin ici de ne pas retirer donc tout père de rides pouvant contenir formation de pointe cassure qui seraient considérés comme étant des paires de rides anormal pas le mapper en effet elle ne respecterait pas un schéma classique de séquençage et l’umih n’a de type forward rivers ici nous nous couchons cette option afin d’éviter leur calibre mans local des bases en effet il a déjà été effectuées précédemment ce paramètre ici signifie que nous utilisons tous les rides et nous ne faisons pas de sou d’échantillonnage des fichiers bam initiaux pour l’analyse et enfin pour finir nous utilisons comme pour facettes des mêmes critères de qualité pour à la fois les alignements et les passes pour finir nous allons fournir à sequans à un fichier contenant ici les taux de gc par bin par région de 50 paires de bases le long du génome séquencé à pourront ainsi utiliser ce fichier pour normaliser les données c’est con ça permet à la fois de d’estimer une poésie et une solidarité si vous cochez ici nos si vous avez des a priori sur la solidarité tumorales où la pluie dit vous pouvez ici renseignez yes et fournira sequans a des valeurs que vous connaissez par défaut nous allons laisser c’est qu’on a estimé lui-même les civils arrêté et plouisy deux échantillons une fois cela a rempli cliquez sur exécuter la boîte verte vous renseigne que le job a bien été lancé et on le voit ici en gris dans l’historique cela signifie qu’il est en queue et qui passera bientôt dans les clusters une fois l’analyse terminée vous avez accès aux résultats de sequans a dans un fichier au format html disponible ici visualisables dans tout navigateur de type firefox internet explorer au chrome vous pouvez aussi le voit grand galaxy en cliquant ici sur le petit oeil il s’affichera alors dans la page principale au milieu comme toujours on peut mieux voir a donné du milieu en routine en retirant les panneaux latéraux en cliquant sur chacune des flèches latéral ces combats a la particularité de sortir un résultat plusieurs solutions de couple s’est il arrêté tumorales floride il sera aussi donc à chaque série d’arrêtés tumorale est peu et dit estimer une probabilité associés d’être la bonne série d’arrêtés d’échantillons et vous permet donc de regarder les résultats pour différents couples estimé tout en les rangeant dans l’ordre d’intérêt ainsi vous avez accès dans la page html au téléchargement de tous que les orties secunda au format normal texte est au format air data pour les réinterpréter dans air si vous le souhaitez un grave principal est disponible ici et il correspond donc au premier choix de sequans a en termes de couple s’est il arrêté claudie si on descend ici l’ascenseur de ce pdf on peut voir ici qu’on a accès au même graphe pour le deuxième couple choisi par ces candidats de solidarité estimé et plo ide et ainsi de suite pour tous les choix possibles de ces constats ce fichier au format pdf on peut le télécharger et l’ouvrir dans une autre page pour mieux le voir si on descend en dessous on a accès donc un fichier de type segment qui va donc contenir pour tous pour la première solution donc le premier choix de sequans a décidé d’arrêter et de plus il dit les segments estimé ainsi que leur nombre de copies allait spécifiques et de génotype en dessous vous avez ici pour chaque solution alternative donc des fois de a à x choix des segments correspondant à sept différents choix de couple pleurait dit ses vérités si l’on descend dans la page on peut voir ici donc le graff qui permet à ces contrats de définir la probabilité d’avoir un bon couple solidarité tout est dit on voit ici donc il est entouré en rouge le couple pour lequel on avait ici une claudie d’environ 2,5 et une solidarité d’environ 25% qui lui permet de dire que c’est celui qui a le meilleur score on peut voir ici les autres points comme étant les autres coupes estimées donc on peut aussi comme précédemment avec façade ouvrir ce graphe qu’au format pdf en dehors de galaxy pour mieux les visualiser ici on peut cliquer sur la petite flèche pour soi l’ouvrir soit le télécharger on attend qu’un xi accès ici à ce graphe à la poésie estimé pour le premier choix de ses candidats ainsi que la solidarité elle est ici de 22% ont donc de cellules tumorales et une poésie de 2,4 soit une tumeur qui seraient 10 puis 8 on a comme résultat principal de graff le premier en or présent de nombre de copies total est ici le deuxième graff représente à des compositions entre le nombre de copies mineurs et le nombre de copies majeur on peut donc observer par exemple qu’ici c’est qu’on va estime avoir un gain sur le chromosome 1 donc trois copies et que si on fait à des compositions en haleine a et b il observe donc deux copies de la majeure à et une copie de la ligue mineure b soit un génotypage à ab on retrouve encore une fois le chromosome 5 qui est un gain avec une l oas une perte des rôles des terreaux zico cité soit 0 copie de la lettre b ces graves sont censés représenter ici donc la baffe donc chaque point bas dans un polymorphisme et on obtient ainsi la baffe estimé pour chaque point entre la tumeur et sont normales a varié de même ici ce graphe le représente le ratio des profondeurs de couverture entre la tumeur et sont normales ces données résultent en un sou un échantillonnage donc on a affaire ici à beaucoup de bruit pour un véritable couple tumeur norman associé c’est donner ce serait de beaucoup plus propre et donnerait lieu un coût est beaucoup plus sensible revenons à galaxy et observant cette fois ci le fichier deux segments fourni par ses comptes a donc on peut en cliquant ici sur ce segment le voir dans galaxy ou bien si on clic droit dessus et qu’on enregistre enregistrer la cible du lien sous on peut ainsi de télécharger et l’ouvrir dans excel vous pouvez donc ouvrir se ficher dans excel c’est un fichier texte au format tabula et ainsi observé que chaque ligne représentent un segment si on regarde la première ligne on peut observer donc que sur un chromosome dédié ici le chromosome 1 on a les positions initiales et de fin de chaque segment là bas estimé moyenne dans ce segment ici nous avons donc nombre de points participant à la baffe à l’estimation de la baffe pour ce segment l’écart type de la baffe dans ce segment ici vous avez donc accès aux ratios des profondeurs entre la tumeur est ce normal le nombre de points de vente isip ans au calcul des profondeurs l’écart type des profondeurs de couverture du ratio ainsi que le nombre de copies estimer ou qu’ici total soit deux copies et à des compositions en laye la majeure et à la baie mineurs ici nous avons donc deux copies total une copie de la lah et une copie de la lettre b vous avez en plus ici une colonne correspondant au cutter de confiance qu’attribue sequans a dans le segment ici par exemple vous avez donc un gain soit trois copies au total deux poêles elle a un pour la halle b et ainsi de suite tout est l’hommage sera donc trouver en regardant la colonne de la lb et en observant des valeurs à 0